Comenzó a prepararse cuando tenía 13 años. El ejemplo lo tenía en casa, en la figura de su madre, Cristina Rota, en cuya escuela de formación de actores María aprendió lo que necesitaba saber para ponerse ante las cámaras.

Aunque no ha conseguido aún ese papel protagonista que la confirme como una de las imprescindibles del cine español, María Botto ha trabajado como secundaria con algunos de los directores más importantes de nuestro cine. Películas como 'Carmen' de Vicente Aranda o 'Silencio roto' de Monxto Armendáriz lo confirman.

No es la primera vez que opta al Goya. Ya en 1999 estuvo nominada para Mejor Actriz Revelación por su papel en la película 'Celos', de Vicente Aranda. El galardón se lo arrebató Ana Fernández gracias a su interpretación en 'Solas', pero al menos le quedó el reconocimiento de sus compañeros. Lla adaptación al cine de la novela 'Soldados de Salamina', en la que interpreta a una pasional vidente, le llevó de nuevo a pelear por el premio.